Té la seu al Palau de l’Agricultura de Montjuïc, edifici noucentista construït amb motiu de l’Exposició Internacional del 1929 a la ciutat. Adaptat de forma provisional, el 1983, per a l’escenificació de Carmen de Peter Brook, fou rehabilitat per a acollir-hi espectacles de dansa, teatre i música, amb tres sales: Maria Aurèlia Capmany, Ovidi Montllor i, per a obres de petit format, Sebastià Gasch. La Sala Ovidi Montllor té l’origen en l’anomenat Espai B, contigu a l’edifici central i que fou incorporat el 1990, que s’enderrocà i es construí en el seu lloc l’edifici de l’Institut del Teatre (1997), el qual ha donat lloc a una nova sala del mateix nom dins del Mercat amb el qual comparteix l’exhibició i la gestió. Forma part dels equipaments que configuren la Ciutat del Teatre. Fou de titularitat municipal exclusiva fins el 2007 que, amb el nom de Mercat de les Flors - Centre de les Arts de Moviment, hom constituí un consorci participat per l’Ajuntament de Barcelona i la Generalitat de Catalunya, amb la col·laboració del ministeri de cultura i l’alcalde de Barcelona com a president i el conseller de cultura com a vicepresident.
Des dels seus inicis acollí tot tipus d’expressió creativa. Hi estrenaren obres, a més de Peter Brook, autors com Luca Ronconi, Peter Stein, Patrice Chéreau, Carlos Marqueríe, Robert Lepage, Tadeusz Kantor, Anatoli Vassiliev, Mario Gas, Calixto Bieito, Roger Bernat, i entre els grups La Fura dels Baus, Comediants, Els Joglars, La Cubana, Sèmola Teatre, Sol Picó, Àngels Margarit, La Carnicería Teatro, Teatro de la Abadía, internacionals com Phillipe Genty, Wim Vandekeybus, La La La Human Steps, Rosas, festivals com ArtFutura, Festival Àsia o Primavera Sound, a més de celebrar-hi concerts o projectar-hi pel·lícules.
Han dirigit successivament el Mercat de les Flors Joan Maria Gual (1985-87 i 1995- 2001), Andreu Morte (1987-91 i 2001-06), Elena Posa (1991-95) i Francesc Casadesús (2006-16), el qual fou rellevat per Àngels Margarit. Des del 2001 és la seu del Teatre Lliure i del 1988 al 2008 hom hi celebrà la Marató de l’Espectacle.