La comunicació amb el satèl·lit es perdé durant el descens a la superfície marciana al desembre del 1999. El fracàs de la missió es degué amb tota probabilitat a un error en el sensor d’altitud, quan aquest ordenà l’aturada dels motors de frenada tot i que encara faltaven 36 m per a tocar la superfície de Mart. El fracàs suposà un contratemps important per a la NASA, que al mes de setembre ja havia perdut la Mars Climate Orbiter.