Feu la carrera militar al Perú i als EUA. Del 1950 fins a mitjan anys vuitanta fou col·laborador de la CIA. Membre de la Guàrdia Nacional, fou aliat del coronel colpista Omar Torrijos, a la mort del qual (1981) el succeí a la cúpula d’aquest cos militar policial, que transformà en les Forces de Defensa de Panamà (FDP), i que utilitzà per a afermar-se en el poder amb la repressió de la dissidència.
Convertit en l’autoritat de facto del país des del 1983, l’any 1988 els EUA l’acusaren de practicar el narcotràfic i el comerç il·legal d’armes. L’any 1987 obligà a dimitir al cap de l’estat major, R. Díaz Herrera, que l’acusava de l’assassinat del president Torrijos i del polític opositor Hugo Spadafora (1985). Al maig del 1989 interferí en les eleccions, en les quals l’opositor Guillermo Endara s’havia situat com a clar favorit, que acabà per anul·lar.
Noriega nomenà un president en funcions, però els EUA reconegueren Endara com a vencedor i li donaren protecció. Després de diversos incidents entre les forces nord-americanes estacionades a la Zona del Canal i les FDP, les tropes nord-americanes envaïren Panamà al desembre del 1989, arrestaren Noriega i el traslladaren als EUA, on fou sotmès a un judici que es perllongà fins el 1992 a causa de les dificultats plantejades per la condició d’antic col·laborador de la CIA de Noriega, que incloïa informació classificada.
Condemnat per un tribunal de Florida a quaranta anys de presó (posteriorment rebaixats a quinze anys), el 1999 França el condemnà a set anys in absentia per blanqueig de diners del narcotràfic. Lliure des del setembre del 2007, a l’abril del 2010 els EUA l’extradiren a França, on es repetí el judici, que conclogué amb la mateixa condemna. Jutjat in absentia a Panamà per assassinats i desaparicions d’opositors i condemnat a vint anys, al desembre del 2011 hi fou extradit des de França i ingressà a la presó.