Després d’haver jugat al KK Zadar croat, l’any 1992 fitxà per l’Stefanel de Trieste, amb el qual guanyà el seu primer títol de Lliga el 1995, quan el club s’havia traslladat a Milà. Més tard jugà dues temporades al Real Madrid, que guanyà la Copa Saporta el 1997, i a partir del 1998 ho feu en el Panathinaikós grec, equip amb el qual conquerí tres títols de Lliga consecutius (1999, 2000, 2001) i dos cops l’Eurolliga (2000, 2002). Paral·lelament, es consolidà com un dels jugadors indiscutibles de la selecció de Iugoslàvia, amb la qual guanyà dues vegades el Campionat del Món (1988, 2002) i en tres ocasions el Campionat d’Europa (1995, 1997, 2001), a més de la medalla de plata als Jocs Olímpics d’Atlanta del 1996. Aler amb una alçada (2,04 m) i uns fonaments tècnics que li permeten jugar en diverses posicions, és considerat el millor jugador de bàsquet fora de l’NBA. El juliol del 2002 signà un contracte de tres anys amb el FC Barcelona, i l’entrenador Pesić el convertí en el referent de l’equip que la temporada 2002-03 guanyà la Lliga ACB (títol que repetí el 2004), la Copa del Rei i l’Eurolliga. Bodiroga fou escollit el millor jugador d’ambdós torneigs. L’any 2004 guanyà la Supercopa d’Espanya. El 2005 abandonà el FC Barcelona i fitxà pel Pallacanestro Virtus Roma, on jugà fins el juny del 2007, quan es retirà.