Ordenat de sacerdot el 1959, es llicencià en psicologia a la Universitat Catòlica de Lovaina (Bèlgica) i en teologia a l’Institut Catòlic de Lió (França). Fou professor de teologia i de ciències socials a la Universitat Catòlica de Lima i consiliari nacional de la Unió d’Estudiants Catòlics. És considerat el pare de la teologia de l’alliberament. El seu llibre Teología de la liberación (1971) recull una conferència que pronuncià el 1968, en la qual propugnava el pas d’una teologia del desenvolupament a una teologia de l’alliberament. Entre les seves obres destaquen també: La fuerza histórica de los pobres (1982), Beber en su propio pozo (1993), Hablar de Dios desde el sufrimiento del inocente (1988), El Dios de la vida (1989), Dios o el oro de las Indias (1990) i La verdad os hará libres (1990). Posteriorment a la publicació del seu llibre En busca de los pobres de Jesucristo. El Pensamiento de Bartolomé de las Casas (1993), entrà a l’orde dels dominics i establí la seva residència a França. L’any 2003 fou guardonat amb el premi Príncipe de Asturias en l’apartat de comunicació i humanitats; el mateix any fou investit doctor honoris causa per la Universitat de Friburg (Suïssa).