Constituïda el 2000, entrà en vigor al juliol del 2002 amb la primera cimera celebrada a Durban (Sud-àfrica). La seu és a Addis Abeba. Té com a objectius principals promoure la democràcia i el bon govern, erradicar la pobresa, impulsar el creixement econòmic i mitjançar, i intervenir si cal, en els conflictes, com també promoure la pau i la integració continentals. L’assemblea, formada pels caps d’estat dels països membres, és el principal òrgan de presa de decisions, i elegeix el president anualment amb un mecanisme rotatori. És assessorada pel comitè executiu, format pels ministres d’afers estrangers dels estats membres. Una comissió integrada per deu membres al càrrec de les diverses àrees aplica les polítiques acordades per l’assemblea i coordina les activitats de l’organització.
El 2004 fou establert un Parlament Panafricà amb funcions d’assessorament, els membres del qual són designats per les cambres legislatives dels estats membres. El mateix any s’establí el Consell per la Pau i la Seguretat, amb funcions de mediació i intervenció, que disposa d’efectius militars que, junt amb forces d’altres cossos internacionals, han intervingut en conflictes regionals, com ara els de Somàlia i Dārfūr (Sudan). De les branques econòmiques en destaca el Nou Partenariat per al Desenvolupament d’Àfrica (NEPAD), que el 2010 fou integrat a l’estructura principal de la UA.
La Unió Africana és formada, com la seva predecessora, per tots els estats del continent llevat del Marroc, a causa del contenciós del Sàhara Occidental. Alguns dels membres han estat suspesos de l’organització després d’haver-se produït cops d’estat. Tanmateix, els ideals democràtics de l’organització xoquen sovint amb els règims autoritaris o dictatorials en molts dels estats membres. El 2016 un tribunal de Dakar (Senegal) condemnà a presó l’exdictador del Txad Hissène Habré en el primer judici d’un excap d’estat africà impulsat i tutelat per la UA.