L’any 2004 inaugurà la primera fase. S’obriren al públic les dependències emplaçades a l’antiga casa colonial de Can Serra, que ha estat restaurada. S’inaugurà el Centre de Documentació i una exposició titulada “D’immigrants a ciutadans”, que fa un recorregut per la història de la immigració a Catalunya des del segle XIX fins a l’actualitat.
El 2012 s’inaugurà una segona fase del museu en un edifici annex de nova construcció que acull els tres espais expositius permanents en una museografia en aperto, és a dir, a l’espai exterior: Humans en moviment, en què es fa una anàlisi i revisió de les migracions des de la prehistòria fins el segle XX; el Sevillano Barcelona Término, exposició permanent dins un vagó de tren del 1961 que vol retre homenatge a les migracions del segle XX a Catalunya, i l’Espai Migrar, amb una anàlisi i reflexió de les migracion de l’etapa de la globalització. El museu també disposa d’un espai d’exposicions temporals.