Els espais que componen la Xarxa són les zones especials de conservació (ZEC) i les zones d’especial protecció per a les aus (ZEPA), ambdues designades pels estats membres d’acord amb la Directiva hàbitats, aprovada l’any 1992 pel Consell de les Comunitats Europees i modificat el 1997. La Xarxa Natura 2000 a Catalunya ocupa una superfície de gairebé 620 000 hectàrees, aproximadament una cinquena part del territori. Amb l’aprovació el 2006 pel govern català de la nova proposta catalana, la Xarxa Natura 2000 a Catalunya ocupa una superfície total d’1 040 155 ha, de les quals 957 051 són terrestres i 83 104 marines. La nova llista incorpora noves zones d’especial protecció per a les aus (ZEPA) i nous llocs d’importància comunitària (LIC).