D’ètnia dinka, vers el 1970 s’uní a la guerrilla en la primera de les guerres civils que enfrontaren l’estat sudanès, controlat pels musulmans del Nord, amb les ètnies animistes i cristianes del Sud, a les quals pertanyia. Després del fracàs dels acords d’Addis Abeba, que establien una certa autonomia per al Sudan del Sud, fundà, amb John Garang i altres líders, el Moviment per a l’Alliberament Popular del Sudan (SPLM), del qual esdevingué cap de l’ala militar.
Després de l’acord de pau de Naivasha (gener del 2005) amb el Govern sudanès, pel qual s’establí un règim autonòmic i es programà un referèndum d’autodeterminació al cap de sis anys, fou nomenat vicepresident del Sudan del Sud. En morir John Garang (juliol del 2005), el succeí en la presidència i en la primera vicepresidència del Sudan.
Reelegit en els càrrecs per una majoria aclaparadora l’any 2010, després del referèndum del gener del 2011, que validà la independència del Sudan del Sud, es consolidà com a líder indiscutible del nou estat i, un cop declarada la independència el 9 de juliol, n'esdevingué el primer president.