Fou creat a l’empara de l’anomenada llei Chevènement, que cercava la simplificació de l’administració comunal (municipal) francesa creant ens de més gran abast (com a mínim 50.000 habitants) per a impulsar serveis mancomunadament i dotats d’algunes competències fiscals. Amb la reforma de les col·lectivitats territorials aprovada pel Govern francès l’any 2010 les comunitats d’aglomeració guanyaren noves competències.
El 30 de desembre de l’any 2000 es constituí la Comunitat d’Aglomeració Perpinyà Mediterrània a partir de la unió dels municipis de Perpinyà, Bompàs, Canet de Rosselló, Sant Nazari, Santa Maria la Mar i Villalonga de la Salanca, les quals prèviament formaven la Comunitat de Municipis de la Tet. Al llarg de la primera dècada del segle XXI s’hi anaren afegint municipis fins a sumar aproximadament el 60% del territori i de la població de la Catalunya del Nord. El primer president de l’organisme, Joan Pau Alduy i Triaire , fou reelegit en el càrrec al gener del 2011.