Graduat en administració d’empreses per la Universitat de Lausana (1959), orientà aviat la seva vida professional cap al món de l’esport, inicialment com a periodista. El 1964 fou nomenat secretari general de la Federació Suïssa d’hoquei sobre gel. A través de la firma de rellotges Longines participà en tasques d’organització dels Jocs Olímpics del 1972 i el 1976, especialment en el cronometratge.
L’any 1975 s’incorporà a la Federació Internacional de Futbol Associació (FIFA) com a director tècnic fins el 1981, que passà a secretari general i, finalment (1998), a president en substitució de João Havelange. Reelegit els anys 2002 i 2007, l’any 2011 ho fou per a un quart mandat sense oposició després que l’únic candidat alternatiu s’hagués retirat per una acusació de corrupció. Tanmateix, la gestió de Blatter al front de la FIFA en mandats anteriors fou també qüestionada per aquest motiu, per algunes acusacions de favoritisme i també per la negativa a incloure la tecnologia audiovisual d’alta precisió per a resoldre accions dubtoses o controvertides en competicions oficials.
Al maig del 2015, les autoritats suïsses arrestaren diversos alts càrrecs de la FIFA acusades pel departament de Justícia dels Estats Units de cobrament de suborns a grans empreses patrocinadores. Fou reelegit el 29 de maig i quatre dies després anuncià la dimissió en ser ell mateix investigat. Cinc mesos després continuava en el càrrec malgrat les crides a fer efectiva la dimissió. A l'octubre fou suspès de les seves funcions pel Comitè d'ètica de la FIFA i al desembre li fou imposada una prohibició de vuit anys d'exercir cap mena d'activitat relacionada amb el futbol, que posteriorment fou rebaixada a sis anys. El 26 de febrer del 2016 fou substituït en el càrrec per Gianni Infantino. Des del 1999 és membre del Comitè Olímpic Internacional, i l'agost del 2015 anuncià que no optaria a la reelecció.