Estudià història i arqueologia a la Universitat del Caire i teologia al seminari copte del Caire. Posteriorment ingressà al monestir copte de Suriani. Ordenat sacerdot el 1955 i consagrat bisbe el 1962, fou investit papa d’Alexandria el 1971. Entre el 1981 i el 1985, enfrontat al president Anwar al-Sadat visqué exiliat. L’any 1991 fou elegit membre de la presidència del Consell Ecumènic de les Esglésies, amb seu a Ginebra. El seu pontificat es caracteritzà per la internacionalització de l’Església copta.
Contrari a algunes tesis del concili II del Vaticà, l’any 1973 visità oficialment Pau VI, la primera visita d’un papa copte al Vaticà després de 1.500 anys. Després de Sadat, mantingué unes relacions de difícil equilibri amb el Govern egipci, intentant que aquest fes prevaldre una política de tolerància i una certa protecció. S’enemistà amb el govern marxista d’Etiòpia (1974-87) arran de la deposició del patriarca Abune Tewophilos, i en relació amb Israel mantingué una posició distanciada i prohibí als coptes visitar Jerusalem Israel fins que no es resolgués el conflicte amb els palestins.
L’any 2000 rebé el premi Madanjeet Singh de la Unesco a la tolerància i no-violència.