El nou equip assumí els colors blanc i blau del Balears. El seu primer president, Pere Serra Cladera, també sorgí d’aquest equip. S'ha identificat tradicionalment l’Atlètic Balears amb la classe treballadora de la ciutat. El 1951 l’equip, entrenat per Gaspar Rubio, pujà a segona divisió per primera vegada en la seva història. Juga a l’estadi Balear, inaugurat el 1960. El 2011, amb l’equip a la segona divisió B, una assemblea de socis aprovà convertir el club en una societat anònima esportiva per impulsar-ne l’ascens.