El 2003, per decisió de Red Hat Inc., l’empresa on es creà, Red Hat Linux deixà de ser un sistema operatiu de lliure distribució i s’escindí en dues branques: la branca comercial, enfocada al món empresarial i grans servidors, i la branca comunitària enfocada a l’ús domèstic i gestionada pel Projecte Fedora. Malgrat l’escissió, el Projecte Fedora rep el patrocini de Red Hat Inc. Per herència de Red Hat Linux, Fedora incorpora les eines GNU i un nucli Linux.