Com a jugador, debutà professionalment al Newell’s Old Boys l’any 1980, equip en el qual jugà pràcticament de manera ininterrompuda fins un any abans de retirar-se (1997). Ocupant la posició de centrecampista, amb aquest equip guanyà el campionat de la Lliga argentina de la temporada 1987-88.
Com a entrenador, ha dirigit equips de l’Argentina i, els anys 1999-2012, del Paraguai. Debutà al Brown Arrecifes (1998) i després entrenà els clubs Platense (1999), Instituto (2000), els paraguaians Libertad (2002 i 2006) i Cerro Porteño (2004), amb els quals guanyà tres i un campionats, respectivament, i Colón de Santa Fe (2005). En 2012-13 retornà al seu antic equip, el Newell’s Old Boys. Fou entrenador de la selecció del Paraguai (2007-12), amb la qual arribà als quarts de final a la Copa del Món de Sud-àfrica (2010) i a la final de la Copa Amèrica (2011). El juliol del 2013 fitxà com a primer entrenador del Futbol Club Barcelona, en substitució de Francesc Tito Vilanova. Al capdavant d’aquest equip guanyà la Supercopa d’Espanya (2013) i, en finalitzar la temporada de Lliga (maig del 2014), anuncià la seva marxa del club, i fou rellevat per Luis Enrique. L’agost del 2014 fou presentat com a entrenador de la selecció argentina, i el juliol del 2016 renuncià al càrrec. El 2017 fitxà com a entrenador de l’Atlanta United Football Club, amb el qual l’any següent guanyà la Lliga dels Estats Units. Poc després, el 2018, fou fitxat com a seleccionador de Mèxic fins el 2022.