Fill de pagesos pobres, cap a vint anys emigrà a la capital, on s’inicià en el teatre com a actor i també com a músic. Participà en treballs de recopilació del folklore xilè i a través d’aquesta activitat conegué, el 1957, Violeta Parra, que l’animà a compondre i interpretar les pròpies cançons. Aquest mateix any debutà als escenaris i des dels primers anys seixanta feu gires teatrals per Europa, tant a la part occidental com al bloc soviètic.
Director artístic del col·lectiu folklòric Cuncumen, en 1963-70 fou membre de la direcció de l’institut teatral de la Universitat de Xile, d’on fou professor de direcció escènica (1964-67), i dirigí nombrosos muntatges teatrals, a Xile i a l’estranger, d’un marcat compromís revolucionari i esquerrà. Líder del grup musical Quilapayún (1966-69), la seva projecció com a músic prengué protagonisme a partir del 1970, paral·lelament a l’adhesió a la candidatura de la Unidad Popular de Salvador Allende, en el govern del qual li foren assignats diversos càrrecs culturals i dels mitjans de comunicació.
Aquests anys també fou ambaixador cultural de Xile, i viatjà per tota l’Amèrica Llatina, on propagà el missatge militant i revolucionari. El 1972, entre moltes altres activitats, homenatjà el poeta xilè Pablo Neruda en ocasió de la concessió del premi Nobel. Arran del cop d’estat del general Pinochet) que enderrocà el govern d’Allende, fou detingut, torturat i assassinat. Després de mort, la seva figura es convertí en un símbol de l’esquerra a l’Amèrica Llatina, i també en altres llocs del món. Després de la dictadura de Pinochet, l’Estadi Nacional on fou assassinat rebé el seu nom.
La seva discografia comprèn, entre d’altres, Víctor Jara (1966), Canciones folclóricas de América (1967), El verso es una paloma (1967), Te recuerdo Amanda (1969), Canto libre (1970), El derecho de vivir en paz (1971), La población (1972), Canto por travesura (1973), a més de l’àlbum en directe Victor Jara habla y canta en vivo en la Habana (1972) i el pòstum Presente (1975). Fou molt apreciat als Països Catalans, on Raimon li dedicà l’àlbum A Víctor Jara (1974), que conté una versió en català de Te recuerdo Amanda.
El 1990 la Comisión de Verdad y Reconciliación reconegué l’assassinat de Víctor Jara a mans de militars adeptes a Pinochet, i el gener del 2013 foren detinguts diversos oficials que presumptament participaren en la seva mort. El juny del 2016 un tribunal d’Orlando (Florida) declarà culpable de l’assassinat un militar resident als Estats Units des del 1989, del qual Xile demanà l’extradició. L’any 2018 un jutge de Xile condemnà a presó nou militars per l’assassinat de Víctor Jara.