Els seus pares procedien de Bocairent (Vall d’Albaida). Llicenciat en lletres per la Universitat de París, inicià la tasca docent el 1956 a la Universitat de Bordeus, on el 1960 obtingué la càtedra de civilització espanyola i de l’Amèrica Llatina. Desenvolupà la seva carrera acadèmica i científica en aquesta universitat, de la qual fou rector del 1978 al 1983. Especialitzat en la formació de l’Estat espanyol modern, l’any 1970 es doctorà amb la tesi La revolución de las Comunidades de Castilla (1520-1521), obra considerada fonamental en la historiografia hispànica. Investigà també sobre els jueus a la península Ibèrica i sobre la formació dels països llatinoamericans. Entre el 1989 i el 1996 fou director de la Casa de Velázquez de Madrid, institució dependent del govern francès.
De la seva extensa bibliografia hom pot esmentar L’Espagne des Rois Catholiques (1971), L’Espagne du XVIe siècle (1973), Los movimientos precursores de la emancipación en Hispanoamérica (1977), Isabelle et Ferdinand, Rois Catholiques d’Espagne (1988), Historia de una tragedia: la expulsión de los judíos de España (1993), Charles Quint: empereur des deux mondes (1994), Histoire de l’Espagne (1997), La España del siglo XVI (1998), L’Espagne de Philippe II (1999), Crónica de la Inquisición en España (2002), Los judíos en España (2005), La Inquisición española: crónica negra del Santo Oficio (2005), De l’humanisme aux Lumières: études sur l’Espagne et l’Amérique (2000), Mitos y tópicos de la historia de España y América (2006), Teresa de Ávila y la España de su tiempo (2007), La leyenda negra (2009) i Entender la historia de España (2011).
Rebé, entre altres guardons, la Gran Creu de l’orde d’Alfons X el Savi (1984), el Premio Internacional Elio Antonio de Nebrija (1991), els títols de comanador de l’orde d’Isabel la Catòlica i d’oficial de la Legió d’Honor, i el premi Príncipe de Asturias de ciències socials (2014).