Jugà ocupant posicions al centre i a la davantera i, més esporàdicament, com a lateral i interior. Debutà a la primera divisió amb l’Sporting de Gijón el 1989, equip amb el qual es classificà per a disputar la Copa de la UEFA. Fitxat pel Real Madrid (1991), hi jugà cinc temporades i aconseguí una Copa del Rei (1993), una Supercopa d’Espanya (1993) i un Campionat de Lliga (1995). La temporada 1996-97 passà al Futbol Club Barcelona, en el primer equip del qual jugà un total de vuit temporades, fins a la seva retirada com a jugador (2004), i guanyà dues Lligues (1998, 1999), dues Copes del Rei (1997, 1998) i una Supercopa d’Espanya (1996) i, en competicions internacionals, una Recopa d’Europa (1997) i una Supercopa d’Europa (1997).
Jugà també amb la selecció espanyola, amb la qual guanyà la medalla d’or als Jocs Olímpics de Barcelona (1992).
Després de dedicar-se intensivament a les curses de llarga distància, el 2008 debutà com a entrenador del FC Barcelona B, d’on el 2011 passà a l’Assoziazione Sportiva Roma (2011-12) i posteriorment al Celta de Vigo (2013-14). El maig del 2014 el FC Barcelona el presentà com a nou entrenador del primer equip en substitució de Gerardo “Tata” Martino, amb el qual aconseguí els títols de Lliga, la Copa del Rei i la Lliga de Campions de la temporada 2014-15, la Lliga, la Copa, la Supercopa d’Europa i el Mundial de Clubs de la temporada 2015-16 i la Copa de la temporada 2016-17. Acabada aquesta temporada, fou rellevat per Ernesto Valverde com a entrenador del club. El juliol del 2018 fou nomenat entrenador de la selecció espanyola, càrrec que abandonà temporalment el juny del 2019 per motius personals fins el novembre, que es reincorporà al càrrec. El novembre del 2022, en ser eliminada la selecció a vuitens de final al Mundial de Qatar, fou destituït com a seleccionador. La temporada 2023-24 assumí el càrrec d’entrenador del Paris Saint-Germain.