Anomenat també ximpanzé pigmeu, fou considerat molt de temps una subespècie del ximpanzé (Pan troglodytes), però des del 1933 ha estat classificat com una espècie diferent, cosa que han confirmat posteriors anàlisis d’ADN, les quals indiquen que ambdues espècies se separaren d’un tronc comú fa menys d’un milió d’anys. Així mateix, estudis genètics també han demostrat que el bonobo és, juntament amb el ximpanzé, el primat més pròxim a l’Homo sapiens, amb el qual comparteix al voltant del 98% del genoma.
Tot i que de dimensions similars, el bonobo és més esvelt que el ximpanzé i els seus hàbits socials són acusadament diferents: viu en grups més nombroses, de 50 fins a 100 individus, en els quals les femelles tenen un paper rellevant, la jerarquia entre els individus és molt menys marcada i les conductes agressives molt menys freqüents. Una característica típica dels bonobos és la seva sociabilitat i la gran freqüència de relacions sexuals de caràcter promiscu, que, segons molts estudis, semblen tenir la funció d’apaivagar i controlar conflictes dins del grup.
A diferència dels ximpanzés, conserven la capacitat o la inclinació per l’aprenentatge fins ben entrada l’edat adulta, i en captivitat són els animals que han mostrat més similituds amb els humans, ja que reconeixen la pròpia imatge reflectida i són capaços de comunicar-se amb un conjunt limitat de símbols. Viu en àrees selvàtiques al S del riu Congo i està classificat com una espècie en perill d’extinció.