Té com a objectiu contribuir a la independència de Catalunya des de l’àmbit local, fomentant entre la ciutadania la difusió de l’exercici del dret a l’autodeterminació i altres iniciatives. Fou una de les organitzacions que signà la Declaració de sobirania i el dret a decidir del poble de Catalunya, aprovada pel Parlament de Catalunya el 23 de gener de 2013, i juntament amb l’Assemblea Nacional Catalana (ANC) i Òmnium Cultural és l’entitat que, des de les bases i la societat civil, impulsa el moviment per la independència de Catalunya iniciat el 2010.També ha participat amb aquestes dues entitats en accions conjuntes, com la campanya “Signa un vot per la independència”, que el setembre del 2015 lliurà al Parlament de Catalunya unes 750.000 signatures instant-lo a declarar la independència en cas de no poder-se celebrar una consulta, i impulsà el lliurament de les mocions d’unes 800 alcaldies en suport de la Consulta del 9 de novembre (octubre del 2014) al president de la Generalitat de Catalunya. L’abril del 2015 presentà la Declaració Municipalista de Cervera, perquè els electes municipals es comprometessin a donar suport a la proclamació de “l’estat català, lliure i sobirà” per part del Parlament de Catalunya.
En fou el primer president un dels principals impulsors, Josep Maria Vila d’Abadal, rellevat el juliol del 2015 per Carles Puigdemont, el qual, renuncià el càrrec l’11 de gener de 2016 en ser nomenat president de la Generalitat de Catalunya, i fou substituït a títol provisional per Josep Andreu, alcalde de Montblanc. El 8 d’abril, l’alcaldessa de Vilanova i la Geltrú Neus Lloveras fou elegida nova presidenta de l’AMI. Aquest any eren membres de l’AMI 786 dels 947 municipis de Catalunya, a més de 50 consells comarcals, les quatre diputacions catalanes i altres ens municipals. L’octubre del 2016 constituí l’Assemblea d’Electes de Catalunya, juntament amb representants dels parlaments català i espanyol, un organisme concebut per a respondre a una hipotètica intervenció de l’autonomia catalana per part del govern espanyol. Prestà suport actiu al Referèndum de l’1 d'octubre, i per aquest motiu la presidenta i diversos dels seus alcaldes foren investigats per presumpta rebel·lió. El febrer del 2018 Lloveras dimití la presidència de l’AMI. El 15 de març d’aquest any la succeí en el càrrec Josep Maria Cervera, alcalde del Port de la Selva.