Té l’origen en la iniciativa (1955) de Francesc Pujades, veí d’Arles (Vallespir), d’encendre els focs de la nit de Sant Joan al cim del Canigó, inspirant-se en el valor simbòlic i patriòtic d’aquest cim tal com recull el poema homònim de Jacint Verdaguer. Aquest fet es creuà l’any 1963 amb Joan Iglesias, que, a partir del 1949 i des del Cercle de Joves de Perpinyà, esperonava la tradició de les fogueres a la Catalunya del Nord. Pujades i Iglesias tingueren la pensada de baixar el foc del cim, i des d’allà repartir la flama per totes les contrades dels Països Catalans. Inicialment la Flama només encengué les fogueres del Rosselló, la Vall del Tet i el Vallespir.
La Flama, custodiada des d’aleshores al Museu de la Casa Pairal de Perpinyà, és transportada cada any al cim del Canigó la nit del 22 al 23 de juny, des d’on inicia diversos itineraris per encendre les fogueres de Sant Joan a centenars de poblacions (unes 400 l’any 2015). El 1966 la Flama del Canigó creuà per primer cop la frontera, i el 1967, de manera excepcional, fou rebuda en un acte a l’Ajuntament de Barcelona per l’alcalde Porcioles. Tanmateix, durant el franquisme la seva presència al sud fou semiclandestina i intermitent.
Des del seu restabliment, el Parlament de Catalunya rep la Flama del Canigó, que també és rebuda per les institucions en les diverses poblacions on arriba. L’any 2016, en ocasió del cinquanta aniversari del seu pas per la frontera, fou inaugurada una escultura commemorativa al coll d’Ares (Ripollès), obra d’Eulàlia Sellarès i Jesús Romero. L’edició del 2018 fou dedicada a reivindicar la llibertat dels presos polítics i el retorn dels polítics exiliats, cosa que, de manera excepcional, portà la Flama a les ciutats europees on aquests s’havien refugiat.