Començà com a programa del canal TV3 l’11 de febrer de 1991, que se n'emeté el primer. Destinat a un públic infantil, fins a 14 anys, combina les sèries d’animació de procedència estrangera (Bola de drac, Dr. Slump, Els Teletubbies, Pingu, Doraemon) i les produccions autòctones (Les tres bessones, Rovelló, Lola i Virgínia, La Lua i el món, Emma i Guiu, Dr. W, Quatre amics i mig, Misha, la gata violeta, Pumpkin reports, etc.). Es caracteritza per un univers imaginari, té una iconografia, una banda sonora (que inclou cançons de gran popularitat com Anys i anys, Benvinguts al Club, Anem a veure món, Uh! Oh! No tinc por!, Connectem, Arkandú, etc.), uns personatges (la Nets, el Petri, la Noti Press, la Ruïnosa, la Bibiana, el Lémak, el senyor Pla) i unes mascotes propis (el Tomàtic, el Flash, el Top i el Buff, el Megazero, la Supermà i el Mic) fàcilment identificables i que aviat demostraren un gran atractiu.
Parlat en català, ha estat innovador en introduir la interactivitat amb el públic. Té algunes seccions especials de producció pròpia, com el MIC, adreçat als més petits; l'informatiu Info K; Dinàmiks, que combina ciència, experiments i manualitats; Una mà de contes, amb relats il·lustrats, i Super English Day i el concurs Fish & Chips, que introdueixen l’anglès. El programa va donar peu a la creació de la comunitat del mateix nom. Amb prop d’un milió i mig de socis, el Club Super 3 és l'organització infantil més gran del món i la segona a Catalunya, després del Futbol Club Barcelona.
Des del 1996 celebra un esdeveniment multitudinari, la Festa dels Súpers. També disposa de la revista Súpers! i d’un portal web que és un dels més visitats de Catalunya. Associat al Club Super 3 hi ha el canal K3, que emet des del 2001 programació infantil i juvenil, substituït l'octubre del 2009 pel Canal Super 3, com a part de l'oferta de TV3 en l'àmbit de la TDT. El 2016 celebrà el 25 aniversari i rebé el premi Nacional de Comunicació.