Amb seu al barri del Raval de Barcelona, té l’origen en l’agrupació en una sola entitat de catorze departaments i seccions del CSIC a Barcelona dedicats a la recerca en humanitats, entre els quals hi ha l’Institut Espanyol de Musicologia, el Centre d’Etnologia Peninsular, l’Escola d’Estudis Hebraics i Orient Pròxim, l’Institut Espanyol d'Arqueologia i de Prehistòria, l’Escola d’Estudis Medievals i l’Escola de Filologia de Barcelona, que constituïen apèndixs de centres paral·lels a Madrid. El 1980 els catorze centres es reconvertiren en tres Instituts (Musicologia, Filologia i Geografia, i Etnologia i Història). A partir del 1984 l’IMF prescindí dels investigadors universitaris i es dotà de personal propi independent de les universitats i finançat per l’estat. L’any 2003 l’estructura se simplificà en dues seccions: Arqueologia i Antropologia, i Ciències Històriques: Estudis Medievals, Història de la Ciència, Musicologia.
Dels projectes més destacats a partir d’aquesta etapa cal esmentar el portal Corpus Documentale Latinum Cataloniae (CODOLCAT), a partir del Glossarium mediae latinitatis Cataloniae, i el Fons de Música Tradicional, col·lecció etnomusicològica de més de 20.000 melodies recollides per tot el territori de l’Estat espanyol entre el 1944 i el 1960 en prospeccions organitzades per l’antic Institut Espanyol de Musicologia. L’IMF té al seu càrrec, entre d’altres, la publicació de l’Anuario de Estudios Medievales, l’Anuario Musical, els Monumentos de la Música Española, Arnaldi de Vilanova Opera Médica Omnia (AVOMO), els Treballs d’Etnoarqueologia, el Repertorio de Medievalismo Hispánico i el Répertoire International des Sources Musicals (RISM). La biblioteca de l’IMF consta d’unes 76.000 obres monogràfiques i 2.500 publicacions periòdiques i té una Unitat de Documentació i Gestió de Publicacions que gestiona algunes publicacions i el Fons Tomàs Carreras i Artau, que inclou l’Arxiu d’Etnografia i Folklore de Catalunya (AEFC).