A partir del 1880 estudià al Conservatori de París i tingué com a mestres Savart (solfeig), Th. Dubois (harmonia), L.A. Bourgault-Ducoudray (història) i L. Delibes (composició). Aquest últim el censurà per la llibertat amb què utilitzava el ritme i els modes antics en les seves primeres composicions, i li prohibí optar al Premi de Roma de Composició. Aquest enfrontament feu que Emmanuel estudiés amb E. Guiraud, gràcies al qual conegué personalment C. Debussy. Llicenciat en lletres el 1887, es doctorà el 1896 amb una tesi sobre la dansa a l’antiga Grècia. Del 1907 fins a la seva jubilació, el 1936, fou professor d’història de la música al Conservatori de París, i tingué entre els seus alumnes O. Messiaen. Les composicions de M. Emmanuel estan relacionades amb la seva activitat com a musicòleg, perquè sovint es nodrí de material folklòric i músiques del passat. Les seves obres foren poc interpretades, a excepció de la tragèdia Salamina (estrenada el 1920 a l’Òpera de París) i les Sis sonatines per a piano (1893-1925), la quarta de les quals és basada en una melodia hindú. Entre els seus textos teòrics podem trobar la Història del llenguatge musical, escrits sobre C. Franck i A. Rejcha i un estudi sobre el Pelléas et Mélisande de C. Debussy.