Membre d’una família de músics, el 1693 ingressà com a compositor a United Companies al Drury Lane Theatre i aviat esdevingué un dels compositors teatrals més populars de Londres. A partir del 1695 passà a treballar al Lincoln’s Inn Fields Theatre i, a més, s’encarregà de la direcció musical a la banda de música del rei, sense rebre honoraris. El 1696 aconseguí un altre càrrec a la cort i entrà a formar part dels vint-i-quatre músics al servei del rei. El 1700 obtingué el segon premi per la música que compongué per a la mascarada The Judgement of Paris de W. Congreve, fet que contribuí a augmentar la seva popularitat. Es retirà de les seves activitats teatrals el 1706, encara que seguí actiu com a compositor de cort, component odes per a ocasions especials, com ara el dia de cap d’any o l’aniversari del rei. Eccles destaca pel seu gran sentit melòdic i les seves obres es caracteritzen per la perfecta conjunció que hi ha entre el ritme dramàtic i la planificació de l’estructura tonal. La seva òpera Semele marca una fita en l’operística britànica, s’hi fusionen elements típicament anglesos amb els de la tradició italiana. Després de H. Purcell, Eccles és el músic anglès més important de la Restauració.