D’origen jueu, amb motiu d’un segon matrimoni amb una gentil el seu pare li canvià el nom original, que era Emmanuele Conegliano. El 1764 ingressà al seminari de la seva ciutat natal i el 1773 fou ordenat de sacerdot. Professor d’humanitats al seminari de Treviso, hagué de deixar el càrrec a causa de les seves opinions naturalistes. Després de ser expulsat de Venècia acusat de dur una vida dissoluta (1779), anà a Dresden, on feu les primeres temptatives com a autor de llibrets. El 1781, gràcies al favor de Salieri, entrà com a llibretista a la cort vienesa de Josep II, el qual el prengué sota la seva protecció. Allí escriví llibrets per a òperes de Salieri (Il ricco d’un giorno, 1784; Axur, Re d’Ormus, 1787; La cifra, 1789), Vicent Martín i Soler (Una cosa rara, 1786; L’arbore di Diana, 1787), Mozart (Les noces de Fígaro, 1786; Don Giovanni, 1787; Così fan tutte, 1790) i altres compositors, en les quals adaptà peces d’autors com ara P.A.C. de Beaumarchais, C. Goldoni i Bertati. Les rivalitats amb Salieri, Martín i Soler, el llibretista Giovanni Battista Casti -amb el qual mantingué un antagonisme persistent- i altres músics i funcionaris de la cort, conduïren a la seva expulsió a la mort de Josep II (1790). Després d’una etapa de dificultats, el 1793 fou nomenat llibretista del King’s Theatre de Londres, d’on hagué de dimitir el 1799 després d’haver escrit, entre d’altres, Il capriccio drammattico, de Domenico Cimarosa (1794), La Frascatana, de Giovanni Paisiello (1794), i l’adaptació de The Taming of the Shrew, de Shakespeare. Assetjat pels deutes, el 1805 marxà a Nova York, on, després de provar fortuna en diversos negocis, del 1825 al 1837 exercí de professor de llengua i literatura italianes a la Universitat de Columbia. L’estrena de Don Giovanni en aquesta ciutat nord-americana, el 1825, li reportà momentàniament una gran popularitat. El 1833 fundà l’Òpera Italiana de Nova York amb el baix d’origen espanyol Manuel García.
Juntament amb Casti, Da Ponte és considerat el principal llibretista de l’òpera vienesa clàssica. Mestre indiscutible de les trames lleugeres, enginyós i amb un remarcable sentit de la comicitat inspirada sovint en el gènere de l'opera buffa, de la seva obra sobresurten els textos que escriví per a Mozart, especialment les tres òperes esmentades. Publicà una autobiografia (1823), notable pel caràcter aventurer del protagonista.