Sembla que durant la seva joventut fou llaütista al servei de Claude de Clermont, baró de Dampierre, i, després, del vescomte de Tours. Posteriorment, el 1545, entrà a treballar amb l’editor parisenc Jean de Brouilly. El 1551, juntament amb el seu cosí Robert Ballard, fundà una de les cases editorials més importants de la història de la música francesa del Renaixement, Le Roy et Ballard. Home culte, freqüentava els cercles intel·lectuals de l’Acadèmia de Música i Poesia, i coneixia alguns dels millors literats francesos del moment com P. de Ronsard o J.A. de Baïf, i era amic personal de Roland de Lassus. Quan Ballard morí, Le Roy i la vídua del seu soci continuaren treballant a l’editorial. Entre les obres publicades per Le Roy et Ballard destaquen les àries cortesanes en tabulatura per a llaüt, editades el 1571. Publicaren sobretot obra instrumental per a diversos instruments, entre els quals la guitarra, el llaüt, la mandolina i el cistre. Le Roy escriví diverses obres didàctiques, com ara Instruction pour la musique de luth (1567) o L’instruction pour la mandore (1585), algunes de les quals traspassaren les fronteres franceses i foren traduïdes a altres llengües.