Durant el segle XVII i part del XVIII l’activitat musical es limità als services religiosos sense acompanyament instrumental. Tot i que sembla que s’intentà d’introduir la utilització de l’orgue, aquest instrument fou rebutjat perquè es considerà poc apropiat per a l’àmbit religiós. La música profana, però, s’anà introduint en la vida dels colons. El primer concert del qual es té notícia tingué lloc el 1731. Molts músics provinents d’Europa, sobretot d’Alemanya, s’instal·laren a Boston i marcaren el caràcter musical de la ciutat durant més d’un segle. Gottlieb Graupner, director i editor vingut de Londres, fou la personalitat musical més destacada de les primeres dècades del segle XIX. El 1809 el mateix Graupner creà la Philo-Harmonic Society i més tard la Handel and Haydn Society (1812). Lowell Mason fou l’altra personalitat que dominà en l’àmbit musical del Boston de l’època. La seva obra Handel and Haydn Collection of Church Music (1820) fou determinant per a la renovació de la música religiosa. En aquesta època Boston ja era un centre musical de gran importància a tots els EUA i fins als temps actuals ha continuat essent un punt de referència en la vida musical nord-americana. L'Orquestra Simfònica de Boston (1881), per exemple, és una formació de fama internacional.
Entre els compositors més notables del segle XIX destaquen els membres del grup anomenat Classicistes de Boston, com ara J.K. Paine, H.W. Parker i G.W. Chadwick, que establiren uns models seguits per músics de generacions posteriors. A més, altres formacions semiprofessionals han contribuït o contribueixen encara a mantenir el dinamisme musical de la ciutat, com ara la People’s Simphony Orchestra (1920-36) i l’associació Chorus Pro Musica (1948), que encara continua activa. Entre les publicacions musicals destaquen "Euterpeiad" (1820-22), "Musical Gazette" (1838), "Musical Magazine" (1839-42) i "Journal of Music" (1852-81). La primera escola de música, que data del segle XVIII, estigué dedicada al cant. Fou, però, durant el segle XIX que les institucions docents proliferaren. El 1832 Lowell Mason creà l’Academy of Music, i el 1867 foren fundats el New England Conservatory i el Conservatory of Music. Actualment, la Berklee School of Music (1945) és reconeguda com una de les millors i destaca per la importància que dona al jazz i a la música popular. L’òpera fou el punt feble de Boston durant molt de temps, ja que la manca de companyies pròpies reduí el gènere a les representacions de companyies foranes, especialment les de Nova York i Chicago. La Boston Opera Company (1908-14) no tingué una vida gaire llarga ni afortunada. Actualment Boston organitza temporades operístiques en les quals han intervingut grans personalitats del món de la lírica.