El 22 de juliol de l’any 1557, dia de santa Magdalena, foren extrets els següents diputats i oïdors: diputat eclesiàstic: Girolamo Doria, arquebisbe de Tarragona; no jurà el càrrec; diputat militar: Antoni Vila, cavaller de Vic; diputat reial: Joan Lluís Cornet i de Merlès, ciutadà honrat de Barcelona; oïdor eclesiàstic: Onofre Jordà, canonge de la seu de Tortosa; diputat reial: Simeó Ferran, de Vilafranca del Penedès; diputat reial: Macià Torres, ciutadà de Lleida
El dia 22 de juliol de 1557 l’arquebisbe de Tarragona, Girolamo Doria, fou escollit diputat eclesiàstic. Tal com havia passat en el trienni 1539-42, en què també havia resultat elegit diputat eclesiàstic, renuncià a jurar el càrrec, i en una segona extracció resultà agraciat Pere Àngel Ferrer i Despuig (? – 1559), abat de Sant Cugat del Vallès. Ferrer morí el 17 de novembre de 1559, i el 26 del mateix mes fou escollit per a substituir-lo el bisbe de Tortosa, Ferran de Lloaces i Peres (Oriola 1498 – València 1568). Fill de Roderic de Lloaces i d’Isabel Peres, es doctorà en ambdós drets a Bolonya, i també estudià a la Universitat de París. Exercí un paper capdavanter en l’oposició a les Germanies, i per aquesta raó hagué de fugir amb la seva família. Exercí com a assessor del governador d’Oriola, Pere Maça, i després fou fiscal de la Inquisició a València i inquisidor a Barcelona. Fou bisbe d’Elna (1542-43), Lleida (1543-53) i Tortosa (1553-60). També tingué el càrrec d’arquebisbe de Tarragona (1560-67) i de València (1587-68), i fou patriarca d’Antioquia (1566). De la seva obra escrita cal destacar De matrimonio regis Angliae (Bruges, 1528; Barcelona, 1531), dedicada a l’emperador i escrita en defensa de Caterina d’Aragó. Fou també fundador del Col·legi de Sant Domènec d’Oriola (1547) i principal impulsor de la seva biblioteca, actualment anomenada Biblioteca Ferran de Lloaces.
El diputat militar Antoni Vila, cavaller de Vic, assistí a les corts del 1537 i del 1542 (en aquesta darrera com a cavaller de l’Esperó d’Or). Era fill d’Antoni Vila, ciutadà honrat i conseller en cap de Vic, i nét de Rafael Vila, ciutadà honrat i conseller segon de la capital ausetana. Es casà en primeres núpcies amb Isabel de Malla i de Planella, i en segones amb Elionor de Gravalosa. El seu fill aconseguí la dignitat de noble l’any 1599. Antoni Vila morí el 3 d’octubre de 1558, i el 26 del mateix mes Miquel Oliver fou extret per al càrrec de diputat militar.
El diputat reial Joan Lluís Cornet i de Merlès fou elevat a la dignitat de ciutadà honrat de Barcelona l’1 de maig de 1546. El seu pare era Antic Cornet, mercader de Barcelona, elevat a ciutadà honrat l’any 1510; i la seva mare, Aldonça de Merlès i d’Aimeric. Es casà amb Elionor de Tamarit i de Salbà. Aquest matrimoni tingué dos fills: Lluís i Francesc. Lluís Cornet i de Tamarit fou ciutadà honrat de Barcelona i conseller tercer de Barcelona, i assistí a la Cort del 1585, mentre que Francesc fou capità de galions de la Reial Armada Espanyola que lluità a Lepant. El llinatge s’extingí quan el patrimoni dels Cornet passà a la casa de Casademunt en contreure matrimoni Estàsia Cornet i de Tamarit amb Francesc Casademunt, i a la casa d’Oms en casar-se Maria Àngela Cornet i de Tamarit amb Conrat d’Oms i Llop.
L’oïdor eclesiàstic Onofre Jordà, canonge de la seu de Tortosa, pertanyia a una de les set famílies que entre el 1500 i el 1699 aconseguiren situar més de quatre membres en el consistori de la Diputació.
Simeó Ferran, l’oïdor militar, era de Vilafranca del Penedès. Fill o nét seu fou Jeroni de Ferran i Despalau, cavaller, que assistí a la Cort del 1599. Ferran morí el 15 de gener de 1559. El 24 del mateix mes fou extret com a substitut Miquel Fuster.
Els flagells de la terra: epidèmies, pirates i bandolers
El trienni començà amb un fet significatiu. Per segona vegada, el genovès Girolamo Doria renuncià a ocupar el càrrec de diputat eclesiàstic. Les enormes protestes que havia generat a Catalunya el fet que un estranger, i especialment un genovès de la família Doria, rival tradicional dels catalans, ocupés càrrecs eclesiàstics a les diòcesis catalanes —primer a Elna i després a Tarragona— desaconsellà que ocupés la presidència de la Generalitat. És evident que el preu que Catalunya havia de pagar per l’aliança entre Carles V i Gènova tenia un límit que calia no traspassar. Pensar que un genovès pogués ser president de la Generalitat de Catalunya resultava tan inimaginable com que un català ocupés el màxim càrrec institucional de la República de Gènova.
Al juliol del 1557, les institucions catalanes havien col·laborat amb crèdits sense interès en les campanyes del rei contra França. Aquella no fou una campanya militar qualsevol. El 8 de setembre arribà la notícia de la derrota de l’exèrcit francès prop de Sant Quintí, i el diumenge 3 d’octubre se celebrà la conquesta de la plaça forta de Sant Quintí, protagonitzada pel «rey de Anglaterra y príncep de Spanya», Felip I de Catalunya-Aragó i II de Castella. Aquesta extraordinària victòria sobre el rei de França fou festejada en la mesura que es considerà el preludi de la pau entre les grans monarquies cristianes de l’Europa occidental. En efecte, no es pot oblidar que amb França neutralitzada i amb un monarca que unia sota la seva corona Castella, Aragó, Sicília, Nàpols, Milà, Flandes i Anglaterra, els catalans devien poder esperar que, finalment, la Monarquia hispànica podria centrar els seus esforços contra els turcs i els barbarescos.
La presència d’una nova epidèmia de pesta féu aconsellable que entre el 18 d’abril i el 30 de maig de 1558 els diputats i oïdors de la Generalitat sortissin de Barcelona i es reunissin consistorialment en algun altre indret de Catalunya. En un primer moment, la seu de la Generalitat de Catalunya estigué situada a Vilafranca del Penedès. En concret, diputats i oïdors es reuniren a la casa de mossèn Salbà, a la plaça de l’Oli, i a la comanda de Sant Joan. L’epidèmia de pesta va obligar la Generalitat a canviar de seu en diverses ocasions durant els mesos següents. A partir del diumenge 26 de juny, es reuní al monestir de Sant Cugat del Vallès, i des del 14 de juliol, a Terrassa.
Durant les primeres setmanes de l’estiu del 1558, la situació era molt complicada. El rumor que l’armada turca havia travessat l’estret de Messina en direcció a Catalunya s’estengué. En aquesta ocasió 104 galeres i 30 galiotes turques desembarcaren a Menorca i posaren setge a Ciutadella amb el suport de 20 grans canons de bronze. L’amenaça sobre Catalunya esdevingué ben real. La notícia resultà especialment alarmant perquè les autoritats havien abandonat Barcelona a causa de l’epidèmia de pesta i, per tant, els barcelonins podien mobilitzar-se per defensar la ciutat contra el turc sense el control directe de les classes dirigents i de les institucions. El record de les Germanies seguia ben present en la societat catalana de mitjan segle XVI. Davant aquesta situació de mobilització armada dels habitants de Barcelona en un context de relatiu buit de poder, el virrei, que era a Granollers, decidí instal·lar-se a les proximitats de la Ciutat Comtal, encara que no es va atrevir a entrar-hi. Aquest moviment respongué tant a la idea de donar confiança als barcelonins en cas que arribessin els turcs com a la de controlar de ben a prop els moviments dels habitants de la ciutat. Finalment, el 20 de juliol, els esdeveniments es precipitaren. Arribà a Terrassa una sol·licitud del «portantveus del general governador» de Catalunya —la màxima autoritat reial del país per darrere del virrei— per socórrer Barcelona davant un atac imminent de la flota turca, atès que aquesta havia passat per davant de Roses i de Blanes en direcció a la Ciutat Comtal. Aquella tarda, els homes de la col·lecta de Barcelona (les comarques més pròximes a la capital) es reuniren a Horta, preparats per intervenir en cas d’un desembarcament turc prop de les muralles de Barcelona. Aprofitant la mobilització general en defensa de les costes catalanes, diversos grups de bandolers intentaren ocupar Terrassa, on hi havia els diputats i oïdors de la Generalitat. Totes les plagues —la pesta, els turcs i els bandolers— semblaven abatre’s simultàniament sobre la Terra. En aquesta ocasió, el protagonisme de la defensa de la vila correspongué a les dones terrassenques, que, al crit de «via fora», defensaren els murs i les portes amb armes a la mà. Els dos dies següents se celebraren misses solemnes a la casa del Palau de Terrassa. Finalment, el 8 de setembre, acabada l’amenaça de l’epidèmia, els diputats i oïdors de la Generalitat abandonaren definitivament Terrassa amb el compromís de reunir-se a Barcelona el següent 10 d’octubre. I no solament s’havia acabat l’amenaça de l’epidèmia sinó que, com cada tardor, la flota turca s’havia retirat als seus ports d’hivernada.
Tot i això, el dilluns 31 d’octubre, tres galeres franceses passaren davant de Barcelona i s’apoderaren d’un llondro. És evident que, malgrat la victòria hispànica a Sant Quintí, la pau encara es faria esperar, i això creava dificultats en el marc jurídic i legal de Catalunya. Per posar-ne un exemple, les Constitucions de Catalunya establien que, quan moria el monarca, el seu virrei quedava automàticament destituït, i que no podia haver-hi cap virrei fins que el nou monarca hagués vingut personalment a jurar les Constitucions. Aquesta fou, precisament, la situació que es produí al febrer del 1559. El nou monarca, Felip II de Castella i I de Catalunya-Aragó, no podia venir a jurar perquè era a Flandes en plena campanya militar contra el rei de França. Per aquesta raó, les dues màximes institucions del país, la Generalitat i el Consell de Cent, crearen una comissió mixta d’assessors per a estudiar la qüestió. Finalment, aquesta comissió acordà que, «en aquesta ocasió i sense que serveixi de precedent», García Álvarez de Toledo y Pimentel-Osorio pogués renovar el seu jurament com a virrei de Catalunya. Tal com assenyala Eva Serra, les entrades i juraments dels reis i dels virreis són una crònica social i política. El protocol entre els diputats i el canceller, d’una banda, i el regent de la Cancelleria, de l’altra, o entre els porters de la Diputació i els verguers dels doctors del Reial Consell, reflecteixen els conflictes polítics latents. La Lloctinència ja era una institució plenament inserida, però els enfrontaments i les dificultats eren constants. Així, per exemple, el Palau del Lloctinent es considerava una edificació tan «xica e incòmoda», que els lloctinents preferien residir a la casa dels ducs de Cardona, al carrer Ample. El clima polític encara era menys confortable que el seu palau, i tothom tenia «molt avorrit lo tribunal de capità general» perquè aquest, que només podia jutjar «soldats stipendiaris», pretenia jutjar «gent provincial».
Per l’abril arribà la notícia de la pau amb França. Tot i així, la guerra mediterrània contra els turcobarbarescos continuà. En aquest àmbit, els esdeveniments militars no foren pas tan positius. Un any després, el 29 de maig de 1560, arribava la notícia de la derrota de la flota comandada pel duc de Medinaceli, virrei de Sicília, enfront de la flota turca.
El 21 de juny de 1560, la Generalitat creà el càrrec d’advocat fiscal, que posteriorment fou confirmat en el Capí-tol X de la Cort del 1599. L’advocat fiscal de la Generalitat acomplia funcions semblants a les realitzades per funcionaris d’altres institucions catalanes, que estaven recollides en la tradició jurídica del país.