La part de l’organisme que més acusa l’efecte de la reducció dels nivells d’hormones femenines correspon, com és lògic de suposar, a l’esfera genital, ja que el climateri comporta una supressió de l’activitat reproductora en què estan implicats els òrgans genitals.
D’una part, es produeixen notables modificacions en els genitals interns, ja que els ovaris sofreixen una atròfia progressiva, alhora que l’úter ja no presenta les típiques variacions del cicle menstrual. En definitiva, tant els ovaris com l’úter o les trompes de Fal·lopi disminueixen de volum, per bé que aquestes modificacions són progressives i no gens evidents.
No obstant això, el dèficit d’hormones femenines, en dones constitucionalment predisposades, pot comportar un afebliment dels músculs i lligaments que constitueixen els sistemes de sosteniment i suspensió dels òrgans genitals interns, la qual cosa pot provocar certes manifestacions. Per exemple, pot succeir que els lligaments i músculs corresponents no puguin mantenir l’úter en la seva posició normal, la qual cosa provoca un prolapse uterí, consistent en el davallament de l’úter, que penetra a l’interior de la vagina i que pot arribar a sobreeixir per la vulva. De tota manera, aquest trastorn, que pot originar molèsties locals i dificultar les relacions sexuals, no és pròpiament una alteració provocada per la menopausa, sinó que es veu accentuada per un dèficit hormonal.
Altrament, també es produeixen modificacions en els genitals externs, que sí que són evidents. Així, per exemple, pot apreciar-se com els llavis majors i menors de la vulva es redueixen progressivament, s’aprimen i perden turgència. Les secrecions també minven, i per això no és estranya la sensació de picor. També s’aprima el teixit que recobreix la vagina, i se’n redueixen les secrecions: això pot provocar molèsties durant el coit, que poden resoldre’s fàcilment mitjançant el tractament adequat.