Fou creat el 2014 pel jugador Marc Gasol, que també n'és el president, amb el nom de Club Escola Bàsquet Marc Gasol. L'any 2016 s'afegí el nom de la ciutat de Girona al nom del club canviant a Escola de Bàsquet Girona Marc Gasol i un any més tard tornà a canviar adoptant el seu nom actual.
Debutà amb cinc equips que competien en diferents categories de promoció del bàsquet català.
L'any 2017 creà l'equip sènior, que debutà la temporada 2017-18 a la Lliga EBA, la quarta categoria espanyola. En acabar la primera temporada aprofità l'ampliació a 24 equips de la Lliga LEB Plata per pujar una categoria i es consolidà a la tercera categoria del bàsquet espanyol. Al maig de 2020 assolí l'ascens a la Lliga LEB Or i al final de la temporada 2021-21, amb el president-jugador Marc Gasol a la pista, s'imposà a l'Estudiantes a la Final Four de la LEB Or i assolí l’ascens la la Lliga ACB, la màxima categoria estatal.
El 18 de juny de 2025 l'Uni Girona i el Bàsquet Girona s'uniren en una sola entitat. L'Uni Girona passà a integrar-se en l'estructura del Bàsquet Girona.