Fundat l’any 1981, les primeres iniciatives de la ciutat tingueren lloc durant els anys posteriors a la Guerra Civil amb un equip femení que competí sota les sigles del Club Natació Banyoles. Disposa d’equip sènior masculí i femení, així com d’equips en categories inferiors. Els equips sènior participen habitualment en divisions territorials catalanes. Anualment organitza el Torneig Internacional d’Handbol Ciutat de Banyoles per a categories inferiors. Juga al pavelló poliesportiu municipal la Draga.