Fundat el 1906, el seu precedent fou l’Agrupació Excursionista Catalana els Muntanyencs, entitat catalanista creada el 1898. Inicialment estigué vinculat a l’Aplec Catalanista. L’any 1912 passà a denominar-se Associació de Ciències Naturals i Excursions, i el 1914 prengué el nom de Societat de Ciències Naturals. Organitzava excursions i sortides culturals, realitzava conferències i tenia una activa secció d’arqueologia, filologia i folklore dirigida per Rossend Serra Pagès. El 1907 Norbert Font Sagué impulsà la secció d’espeleologia i fotografia subterrània. Fou una de les antecessores del Grup d’Exploracions Subterrànies (GES), grup constituït oficialment dins el Club Muntanyenc Barcelonès l’any 1948. El 1909 inicià la publicació de la revista Sota Terra. El 1931 es fusionà amb el Centre Excursionista Barcelonès i formà el Club Muntanyenc Barcelonès.