Fundat a l’octubre del 1960, el primer president fou Ròmul Bosch Rius. La seva activitat principal és la vela i organitzà algunes competicions rellevants, com el Campionat del Món de creuer de classe mini-ton (1979), el Campionat d’Europa de classe finn (1993) o el Campionat del Món de catamarà A (1996). Des del 1993 organitza la Regata de Pasqua, que a partir del 1996 prengué el nom de Memorial Josep Maria Padró. També organitza la popular travessia nedant de l’Estartit a les illes Medes. Disposa d’escola de vela, de tennis i d’activitats subaquàtiques, i durant l’estiu, de natació i de futbol sala. L’escola de vela organitza cursos de vela lleugera, vela de creuer i surf de vela. La nova seu fou construïda el 1992, obra de Carles Ferrater i Joan Díez, i fou finalista del premi FAD. A les seves instal·lacions hi ha l’Escola Nàutica, que imparteix cursos de capità d’embarcació en col·laboració amb l’Escola Nàutica Mar Brava. Té una superfície de 15.945 m² i disposa d’uns 700 amarradors per a embarcacions. L’any 2001 Jordi Nebot publicà Els primers quaranta anys, 1961-2001 Club Nàutic L’Estartit.