Feu nombroses ascensions al massís de la Maladeta (1902-20), entre les quals cal esmentar les primeres absolutes als pics de les Salenques (1908) i de Soubiron (1910), els nous itineraris a l’Aneto des del coll de les Salenques (1910) o al pic Maleït per la cresta de Cregüenya (1910) i les primeres estatals al pic d’Alba (1910), la Forcanada pel canal nord-oest (1913) i altres ascensions, com la cresta oest de la Maladeta (1912). El 1927 realitzà una ascensió al Naranjo de Bulnes, als Picos de Europa. Al massís de la Maladeta, entre els pics Maleït i Aragüells, hi ha l’agulla Juncadella (3.015 m), que porta el seu nom. Pioner també dels viatges d’aventura a Catalunya i gran aficionat a la fotografia, feu viatges freqüents per Àfrica i Àsia. Al castell de Montesquiu es conserven diverses pertinences de la família Juncadella, entre les quals destaquen el material de muntanya i el quadern de notes de les seves excursions entre el 1908 i el 1913. David Vilaseca publicà Emili Juncadella: aventures d’un burgès als Pirineus (2004).