Fou fundada a Barcelona l’any 1921 per iniciativa del CN Barcelona, CN Athlètic i CN Sabadell i amb l’adhesió del Centre d’Esports de Lleida, del CN Mataró, del CN Pop de Badalona i de les entitats barcelonines Club de Mar, Ateneu Enciclopèdic Popular i Club los XX, inicialment sota el nom de Federació Catalana de Natació Amateur.
El seu primer president fou Jaume Mestres, representant del CNB, el qual oferí les seves instal·lacions com a seu. Des de bon començament es feu càrrec de l’organització dels Campionats de Catalunya, que en aquell moment complien la quarta edició. El 1922 es constituí el Col·legi Català d’Àrbitres i Oficials de Natació. Gràcies a les campanyes federatives per a la construcció de noves piscines, al principi del 1933 els clubs federats ja eren 35, amb la incorporació de localitats de terra endins, com Sallent, Martorell, Manresa o Igualada, i Catalunya mantingué l’hegemonia en l’àmbit estatal fins a la Guerra Civil. Un nou pla de piscines impulsat els anys seixanta per la Diputació de Barcelona inicià una dècada prodigiosa en la qual es creà el Col·legi Català d’Entrenadors (1961) i que culminà en l’organització dels Campionats d’Europa (1970) a la piscina Sant Jordi de Barcelona. En aquesta competició Santiago Esteva obtingué 4 medalles i el terrassenc Joaquim Morera fou nomenat secretari general de la Lliga Europea de Natació (LEN), el màxim organisme europeu. D’altra banda, però, la proliferació de competicions internacionals a partir dels anys setanta va perjudicar ostensiblement el nivell dels Campionats de Catalunya, que han quedat relegats a un segon pla pels nedadors més importants. Té la seu a Barcelona i s’encarrega de vetllar per la gestió i el desenvolupament de la natació en totes les seves especialitats: waterpolo, natació, salts i natació sincronitzada. També organitza anualment les lligues entre clubs. L’any 2011 tenia més de 12.000 esportistes federats i uns 120 clubs afiliats. És Creu de Sant Jordi (2021).
Presidents de la Federació Catalana de Natació
| Nom | Mandat |
|---|---|
| Jaume Mestres | (1921-22) |
| Nemesi Ponsati | (1922-23) |
| Joaquim Rosich | (1923-27) |
| Francesc de S. Gibert | (1927-29) |
| Manuel Basté | (1929-33) |
| Tomàs Palmada | (1933, no prengué possessió del càrrec) |
| Joaquim Rosich | (1933-39) |
| Antoni Vila-Mayans | (1939-40) |
| Marià Trigo | (1940-43) |
| Lluís Santacana | (1943-48) |
| Manuel Basté | (1948-50) |
| Francesc Draper | (1950-57) |
| Mateu Molleví | (1957-67) |
| Antoni Monés | (1967-73) |
| Enric Corominas | (1973-77) |
| David Moner | (1977-81) |
| Joan Ballart | (1981-85) |
| David Moner | (1985-95) |
| Lluís Bestit | (1995-2009) |
| Enric Bertran | (2009-) |