Fou fundat el 1921 per un colla de joves excursionistes com a Joventut Excursionista Pensament, tot i que no s’oficialitzà fins el 1924. El 1927 se’n creà la secció atlètica, que el 1929 organitzà la Volta a Sabadell. El 1946 es modificaren els estatuts i el nom de l’entitat, que passà a ser ja exclusivament un club d’atletisme: Joventut Atlètica Pensament. El 1950 adoptà finalment el nom actual. Josep Molins, a qui anys després es dedicà la pista d’atletisme de la capital vallesana, en fou el primer atleta olímpic (Roma, 1960). L’any següent s’inaugurà la pista d’atletisme municipal, de cendra, que permeté al club organitzar importants competicions. El 1962 es disputà la primera edició del Gran Premi de Sant Sebastià, que amb el temps esdevingué una de les curses de cros més importants de Catalunya. Durant els anys setanta visqué una època daurada amb els èxits de les corredores de cros, amb la doble campiona del món (1976, 1977) i primera atleta olímpica de l’Estat (Mont-real, 1976), Carme Valero, al capdavant de l’equip femení que fou campió d’Espanya (1976, 1977). Després d’uns anys difícils en què el club estigué a punt de desaparèixer (1980), es revifà i el 1989 s’estrenaren les noves pistes, de material sintètic. El 1988 Montse Pujol i Ana Isabel Alonso foren olímpiques a Seül. Els anys 1999 i 2000 l’equip femení es proclamà campió d’Espanya de segona categoria. El 2002 l’equip masculí guanyà la Lliga Catalana i s’iniciaren les obres de remodelació de l’estadi, que s’acabaren el 2004. L’estiu del mateix any, Miquel Quesada tingué la primera de les seves dues participacions olímpiques en la prova dels 800 m i el 2007 es proclamà subcampió d’Europa en pista coberta. El 2009 el primer equip aconseguí l’ascens a la primera divisió estatal de la competició de clubs. L’any 2010 s’inaugurà la nova pista coberta de Catalunya que substituí el vell pavelló inaugurat el 1970. Al llarg dels anys ha rebut el premi a la Millor Entitat Esportiva de Sabadell en quatre ocasions (1962, 1967, 1982, 1987). Ricard Rop recollí la trajectòria del club en els llibres Història de l’atletisme a Sabadell: 1914-1991, una llarga cursa de voluntat (1992) i Joventut Atlètica de Sabadell, 1992-2010: història del club des dels Jocs Olímpics fins al Campionat d’Europa (2011).