Fitxà pel Futbol Club Barcelona (1988-90), procedent de l’Osasuna, i hi jugà 37 partits, com a suplent d’Andoni Zubizarreta. Guanyà la Recopa d’Europa (1989) i la Copa del Rei (1990). Es retirà com a professional el 2003.
Posteriorment s’incorporà al quadre tècnic del Barcelona com a entrenador de porters (2003-10, 2011-12) i segon entrenador de Luis Enrique (2014-17). També dirigí el Club Deportivo Numancia de Soria (2010-11) i, a primera divisió, el Celta de Vigo (temporada 2017-18), on també havia estat segon entrenador de Luis Enrique (2013-14). El juny del 2019 fou nomenat entrenador del Girona, càrrec del qual fou destituït a l’octubre del mateix any.
El 18 de juny de 2020 anuncià la seva retirada del món del futbol a causa de l’esclerosi lateral amiotròfica (ELA) que li havia estat diagnosticada. L’any 2023 protagonitzà el documental Unzué. L’últim equip del Juancar, que explica la realitat de la malaltia.