La primera edició l’organitzà el Patronat Municipal d’Esports de l’Escala i la Comissió Marathon Catalunya. Des de llavors l’organització ha anat a càrrec de l’Ajuntament del municipi, amb sortida i arribada al conjunt monumental d’Empúries. Els anys 2007, 2008, 2010, 2011 i 2012, acollí el Campionat de Catalunya de marató.