Fou fundat l’any 1915 i la màxima categoria que ha assolit és la tercera divisió, en la qual ha jugat cinc temporades (2002-07). La temporada 2012-13 jugà a primera catalana. El seu terreny de joc és el camp municipal. Té diversos equips en les categories inferiors. El 2 de juliol de 2016 la Federació Espanyola de Futbol donà el vistiplau a l’acord de filiació subscrit entre el Girona FC, com a patrocinador, i el CF Peralada, com a filial. En finalitzar la temporada 2018-19, amb el descens a segona del Girona i a tercera del Peralada, el Girona FC club finalitzà de manera unilateral l’acord de filiació.