Té els seus orígens en el club FC Cables Elèctrics —vinculat a l’empresa que actualment és Pirelli i General Cable— creat en la dècada dels anys 1920. El 15 d’abril de 1923 el club canvià el seu nom pel d’Atlètic Cornellà FC, i a més d’equip de futbol comptava amb seccions de ciclisme i atletisme, entre d’altres. L’any 1931 canvià de nou el seu nom pel de CF Cornellà. Fou refundat amb el nom actual l’any 1951, després de la fusió dels equips CF Cornellà, l’Acadèmia Junyent, l’Atlètic Padró i, posteriorment, l’Escola Sant Miquel.
La temporada 1995-96 es proclamà campió de grup de preferent territorial i ascendí a primera catalana. La temporada 1998-99 fou subcampió d’aquesta categoria, amb Ramon Maria Calderé d’entrenador, i ascendí a tercera divisió per primera vegada en la seva història. S’hi mantingué tres temporades (fins a la 2001-02) i després d’una temporada a primera catalana retornà a tercera. Després d’un temps a primera catalana (2006-08), en què fou campió en l’edició de 2007-08, ascendí de nou a tercera divisió. En l’edició de 2012-13 quedà subcampió, però en els play-offs d’ascens a segona B fou superat pel Deportivo B. La temporada 2013-14 quedà primer de grup i aconseguí l’ascens a segona B, on romangué fins a la temporada 2020-21. Amb la reestructuració del futbol a l’Estat espanyol, l’equip jugà a Primera RFEF entre el 2021 i el 2024. La temporada 2024-25 baixà a Segona RFEF. En el palmarès del club també hi ha un subcampionat en el Torneig d’Històrics (2011-12).
El seu terreny de joc és el Nou Municipal de Cornellà, inaugurat el setembre del 2012. Té un ampli planter de futbol de base, creat el 1968, i una escola de futbol (des del 1985) amb uns 800 jugadors. El 16 d’abril de 2026 s’anuncià l’adquisició de la UE Cornellà pel futbolista Leo Messi.