Es forma a partir del moment que les cèl·lules internes de la mòrula, en continuar segmentant-se, se separen per tal de formar una petita cavitat que va creixent de volum a mesura que creix la blàstula. Del blastocel deriven, pels processos ulteriors de gastrulació i de neurulació, els teixits i els òrgans mesodèrmics de l’organisme adult.

Consta de dues parts principals: el trofectoderma, a la perifèria, del qual deriven els annexos embrionaris i part de la placenta, i el blastema embrionari, del qual deriva el nou organisme. L’embrió ateny l’estat de blastocist en els primers dies de desenvolupament i roman lliure fins que esgota el material de reserva que conté l’ou; després s’implanta en les cavitats de la mucosa de l’úter.

En els ous telolecítics d’alguns vertebrats i dels cefalòpodes, el blastoderma és un disc pla de cèl·lules situat en el pol animal (blastodisc). En els ous centrolecítics dels insectes, el blastoderma és una capa de cèl·lules que envolta completament la massa interna de vitel.