Un percentatge elevat del genoma dels organismes eucariotes és format per ADN no codificant. Una fracció significativa està implicada en la regulació de les seqüències codificants, i constitueix els promotors i els intensificadors. També conté informació per a la síntesi de molècules d’ARNmi, amb funció reguladora, gens saltadors i introns, i inclou relíquies evolutives com ara pseudogens i restes de seqüències víriques integrades.