S'ocupa de dictar la política i la gestió en matèria d’aigües dins el marc territorial de Catalunya. Es fonamenta en els principis de la directiva marc de l’aigua, que s’inspiren en el principi de la sostenibilitat. S'estructura en sis demarcacions: Girona, Tordera- Besòs, Llobregat-Foix, Tarragona, Lleida i Terres de l’Ebre. Duu a terme actuacions de formació (seminaris, congressos, etc), de millora de la disponibilitat i la qualitat de l’aigua, de reducció de riscos i d’educació ambiental.