Sorgeix com a resposta a la introducció i la generalització de diverses tècniques en l’agricultura moderna (explotació intensiva del sòl, utilització d’adobs químics i pesticides, introducció dels cultius transgènics, etc) que contribueixen al deteriorament dels recursos naturals (erosió del sòl, contaminació d’aigües freàtiques, pèrdua de diversitat agrícola, resistència a plagues i malalties diverses, contaminació ambiental, etc). L’agroecologia proposa un ús racional de les pràctiques agrícoles i dels recursos naturals basat en el respecte del medi ambient.
L’agroecologia també es pot entendre com una línia de pensament dintre de l’agricultura ecològica que es desenvolupà a partir dels anys setanta del segle XX, arran de l’estudi dels sistemes de cultiu tradicionals de agroecologia l’Amèrica Llatina, com per exemple, els treballs de l’etnobotànic mexicà Efraín Hernández Xolocotzi, professor de la Universidad Autónoma de Chapingo, que estudià els sistemes de producció indígenes mexicans. Entre els principals impulsors d’aquest moviment cal esmentar Stephen R. Gliessman i Miguel Altieri, professors de la Universitat de Califòrnia. L’agroecologia considera que més enllà dels processos ecològics que determinen la producció vegetal com són el cicle dels nutrients, les interaccions entre presa i depredador, etc., la capacitat d’un sistema agrari de resistir pertorbacions externes sense alterar significativament la seva estructura i funcionalitat és determinada per factors socioeconòmics, com per exemple el règim de propietat de la terra. El moviment agroecològic veu amb especial preocupació l’efecte que la agricultura industrial té sobre les poblacions indígenes i és especialment bel·ligerant amb grans corporacions multinacionals, sobretot les que comercialitzen llavors de cultius modificats genèticament.