És constituïda per sediments cretacis i terciaris, i en els punts més alts afloren roques cristal·lines recobertes per esquists metamòrfics. El vessant occidental és cobert per glaceres i congestes i s’eleva fins als 6 100 m, mentre el vessant septentrional davalla suaument vers la vall de Fergana. La vall del riu Alaj, que drena una depressió de 8 a 12 km, separa l’Alaj del Transalaj, i és considerada com una regió de pastures excel.lent, freqüentada pels nòmades kirguisos. Els vessants que dominen la vall són els més abruptes del sistema. L’Alaj és travessat per l’antiga carretera del Pamir pel pas de Taldyk (3 650 m).