Aquesta propietat que els fa molt útils per a establir la seqüència dels aminoàcids d’una molècula proteica. Gairebé tots són metal·loenzims i diversos d’entre ells són activats pels ions manganès, magnesi, cobalt i zinc. Les aminopeptidases comprenen l' aminoacil-oligopèptidohidrolasa, l' aminoacil-dipèptidohidrolasa i la leucin-aminopeptidasa. El primer d’aquests enzims actua sobre diversos oligopèptids provocant la reacció:
i és actiu també sobre dipèptids i tripèptids. El segon hidrolitza només tripèptids:
i és actiu també sobre dipèptids i tripèptids. El segon hidrolitza només tripèptids: