Neix al Pamir, al Tadjikistan, de la confluència del P'andž i el Vakhš i, bé que el seu curs alt té un règim nival alimentat pels afluents que davallen de l’Altai i el Pamir, perd abundància en descendir vers àrees desèrtiques, fet que provoca alhora una gran aportació de sals a l’Aral. El seu curs mitjà i baix constitueix la divisòria entre els deserts de Karakumy i Kyzylkum. La seva desembocadura és un delta amb quatre canals principals, en un dels quals es troba la ciutat de Mujnak. L’aprofitament del riu és essencialment per a la irrigació d’àrees cotoneres, arrosseres i fruiteres. Els únics centres industrials vora l’Amudarja són Čardžou i Nukus.