Descendent de jueus conversos, fou acusat de judaïtzant (1486). Doctor en drets civil i canònic, Bardaixí es defensà bé i recorregué a la Santa Seu. El papa excomunicà l’inquisidor (1487). Tanmateix, preferí d’escapar-se cap a França. Posteriorment s’establí al regne de Nàpols, on serví alhora els reis de Nàpols i Ferran II de Catalunya-Aragó.