Durant el seu virregnat, amb la col·laboració del virrei de Sicília, comte de Baiona, combaté la revolta popular de Messina, aixecada contra la pressió fiscal hispànica i contra la seva desavantatjosa reglamentació de l’exportació del blat. La ciutat demanà la protecció francesa, i França hi envià l’almirall duc de Vivonne (1674). Poc temps després, Álvarez, acusat des de Madrid de prolongar la lluita innecessàriament i d’enriquir-se amb les despeses de la guerra, era substituït en el seu càrrec pel marquès de Los Vélez. Posseïa el títol de marquès d’Astorga.